W Krokodylku pracujemy metodą projektów badawczych L. Katz. Dzięki tej metodzie uczymy dzieci współpracy w grupie, rozwijamy w nich umiejętności wyciągania wniosków, prowadzenia dyskusji oraz zadawania pytań. Wybór tematu projektu w pracy z małymi dziećmi jest zawsze konkretny, opiera się w dużym stopniu na bezpośrednim doświadczaniu i autentycznych obiektach, w naturalny sposób odwołuje się do wcześniejszych doświadczeń, oferuje dostęp do pobliskich miejsc związanych z tematem, daje dzieciom okazję do prowadzenia badań przy minimalnej pomocy dorosłych, a także przedstawienia zdobytej wiedzy w sposób dostosowany do wieku dzieci.